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        系統定位/篩選調節基因表達的功能結構域
        來源: | 作者:佚名 | 發布時間: 2023-04-12 | 42 次瀏覽 | 分享到:
        斯坦福大學Lacramioara Bintu等研究人員通過大規模篩選定a位轉錄因子以及染色質調節蛋白等的功能結構域,及其發揮功能依賴的序列模式(1)。

        斯坦福大學Lacramioara Bintu等研究人員通過大規模篩選定a位轉錄因子以及染色質調節蛋白等的功能結構域,及其發揮功能依賴的序列模式(1)。

        該項工作涵蓋了2,047個轉錄因子或染色質調節蛋白(基本上就是已知的所有這種類型的蛋白),用超過100,000個蛋白片段(80aa)調節reporter蛋白的表達強度(分兩種promoter分別分析激活和抑制),來解析其功能。并進一步結合短片段敲除篩選與理性突變等來分析對其發揮功能起決定作用的氨基酸/motifs(1)。

        轉錄調節功能結構域mapping策略(1)

        通過這些解析,研究人員除了發現包括SUMO化修飾位點對抑制轉錄的結構域的重要性等外,還發現一個很有意思的現象,那就是某些功能結構域能夠同時發揮轉錄激活和轉錄抑制功能,如果把它放到一個中等強度的promoter(PGK)前面,它可以“分化”同一群細胞為“高表達reporter”與“低表達reporter”這兩種類群(1)。

        雙效應結構域“分化”reporter表達(1)

        該項工作2023年4月5日發表在nature;研究人員表示該研究能夠幫助人們更好地理解轉錄因子等如何發揮功能,設計更好的基因調節工具(比如設計更好的CRISPRi / CRISPRa等)以及幫助相關模型更好地預測轉錄調節結構域功能(1)。

        Comment(s):

        突變篩選功能結構域部分很有意思,文中對其潛在機制的分析也很到位;這一塊兒也很有后續發揮空間,比如尋找強化轉錄激活或者強化轉錄抑制的結構域突變,這將進一步人們理解轉錄調控蛋白發揮功能的機制,并為合成生物學等提供新“玩具”。




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